Funde aus den verschiedenen Epochen der Steinzeit belegen, dass bereits in der Gegend Ansiedlungen vorhanden waren. Im Jahre 1133 wird im Göttweiger Salbuch ein Perindorf erwähnt, das seinen Namen vermutlich von einem Siedler namens Pero bekam, der sich mit einer Gruppe um 1070 hier niederließ. Auch in den Annalen der Abtei Kleinmariazell findet man 1136 das Stiftungsgut Perendorf. Im Laufe der folgenden Jahrhunderte wurde Berndorf oftmals von den Ungarn, später von den Türken verwüstet, ähnlich wie die anderen Orte im Triestingtal.
Bereits im 18. Jahrhundert siedelt sich hier ein metallverarbeitendes Gewerbe an, wie beispielsweise der Neuhirtenberger Kupferhammer, dessen Nachfolgebetrieb, die k. k. priv. Neuhirtenberger Fabrik metallener Maschinen, bereits 1836, zusätzlich zur Wasserkraft der Triesting, die erste – vor Ort verfertigte – Dampfmaschine in Niederösterreich einsetzte.
Im 19. Jahrhundert wurde die Metallindustrie, infolge stetigen Ausbaus, zum Haupterwerb der rundum ansässigen Bevölkerung. Es gab um 1844 ungefähr 50 Häuser mit 180 Einwohnern, als der Betrieb unter Alexander Schoeller und Hermann Krupp die Besteckerzeugung mit 50 Arbeitern begann. Diese Firma entwickelte sich später unter Arthur Krupp zu einem Weltkonzern mit 6.000 Mitarbeitern. Die gesamte Entwicklung Berndorfs war eng mit der Geschichte der Kruppfamilie verbunden. So wurden von Arthur Krupp neben den Industriebetrieben eine private Volksschule und ein öffentliches Bad gebaut. Für den Zustrom der Arbeiter und Angestellten ließ Krupp die Stadtviertel Wiedenbrunn und Margareten auf Kosten des Unternehmens errichten, zwischen 1880 und 1918 insgesamt 260 Häuser mit über 1100 Wohnungen. Auch die neobarocke Margaretenkirche wurde von Krupp errichtet. Städtebaulicher Planer und teilweise ausführender Architekt war Ludwig Baumann.
1866 wurde Berndorf zur Marktgemeinde und 1900 zur Stadt erhoben. Damals zählte Berndorf an die 4.300 Einwohner. Die Firma Krupp beschäftigte 3.500 Mitarbeiter aus Berndorf und Umgebung. Mit Landesgesetz vom 26. April 1923vereinigten sich Berndorf, St. Veit an der Triesting, Ödlitz und, bis dahin jeweils Teil der Ortsgemeinde Grillenberg, die Ortschaft Veitsau sowie die Rotte Steinhof zur Stadtgemeinde „Groß-Berndorf“.
Nach dem Anschluss im Jahr 1938 wurde die Firma Arthur Krupp dem deutschen Kruppkonzern eingegliedert.
Durch die ansässige Industrie war Berndorf auch ein wichtiges Ziel der alliierten Luftangriffe in den späteren Kriegsjahren des Zweiten Weltkrieges. Während der Kriegsjahre machten aber auch die Naturgewalten vor Berndorf nicht halt, wobei zwei Mal (in den Jahren 1939 sowie 1944) die Triesting die stärksten Hochwasser ihrer Geschichte führte und große Schäden anrichtete.
Nach Kriegsende wurde die Metallwarenfabrik von der sowjetischen Armee beschlagnahmt und den USIA-Betrieben eingegliedert. Sie wurde erst 1957 dem österreichischen Staat übergeben und mit den Vereinigten Aluminiumwerke Ranshofen (VAW) zur Vereinigte Metallwerke Ranshofen Berndorf AG (VMW) bzw. Austria Metall AG (AMAG) fusioniert.
Auf Grund von finanziellen Problemen der verstaatlichten Industrie Anfang der 1980er Jahre wurde Berndorf 1984 wieder aus dem VMW-Konzern ausgegliedert und 1988 separat durch Manager-Buy-Out als Berndorf AG privatisiert. Außerdem entstand die kleinere KMU, die aber in der gleichen Sparte tätig ist wie Berndorf.
